Die Leitung des Krankenhauses obliegt alleinverantwortlich dem Geschäftsführer der St. Franziskus-Hospital Winterberg gGmbH. Er vertritt das Krankenhaus uneingeschränkt gegenüber Dritten und den Gesellschaftern.

Geschäftsführer: Christian Jostes

Der Geschäftsführer sowie die Leitung der Geschäftsbereiche bilden gemeinsam das ständige Leitungsgremium (Krankenhausleitung) des Krankenhauses. Dazu zählen:

Ärztlicher Direktor: Dr. med. Carl Wunderlich

Pflegedienstleitung: Ulrike Berkenkopf